طبق گفته معاون محیط زیست طبیعی و تنوع زیستی اداره کل حفاظت محیط زیست استان اصفهان، با وجود همه پیگیری‌ها در سطوح استانی و ملی، در چند سال اخیر حقابه تالاب گاوخونی از سد زاینده رود تأمین نشده و در صورت تداوم این وضعیت، غبارخیزی و مشکلات بهداشتی، اقتصادی و اجتماعی در استان اصفهان تشدید خواهد شد. حالا اوضاع به اندازه‌ای وخیم شده که مدیرکل حفاظت محیط زیست استان اصفهان در گفتگو با رسانه‌ها، از طرح شکایت از شرکت آب منطقه‌ای و وزارت نیرو و پیگیری قضایی برای تأمین حقابه این تالاب بین‌المللی خبر می‌دهد و بر بازنگری در مصارف حوضه آبریز زاینده‌رود تأکید می‌کند.
خشکیدگی صددرصدی تالاب گاوخونی در حالی صورت می‌گیرد که بهمن ماه سال گذشته «منصور شیشه‌فروش» مدیرکل مدیریت بحران استانداری اصفهان از خشکیدگی ۹۹ درصدی گاوخونی خبر داده و نسبت به ورود ریزگرد‌ها و ذرات گردوغبار تالاب به استان‌های قم، تهران، چهارمحال‌ و بختیاری، مرکزی و یزد هشدار داده بود. اما دلیل اصلی خشکیدگی تالاب گاوخونی و تبدیل آن به معضلی بزرگ برای مردم اصفهان و استان‌های همجوار چیست؟
حسین اکبری، معاون محیط زیست طبیعی و تنوع زیستی اداره کل حفاظت محیط زیست استان اصفهان می‌گوید: عوامل مختلف و متعدد انسانی و طبیعی باعث خشکیدگی و ایجاد وضعیت بحرانی در این زیست بوم ارزشمند واقع در فلات مرکزی ایران شده است. هر چند که باید تأکید کرد وزن عوامل انسانی نسبت به عوامل طبیعی در خشکیدگی تالاب گاوخونی بسیار بیشتر است.
حسین اکبری، مهم‌ترین عامل خشکیدگی تالاب گاوخونی را علی رغم تمام پیگیری‌های زیست محیطی در سطوح مختلف (استانی، ملی، مطالبه‌گری‌های مردم شریف، رسانه‌ها، فعالان زیست محیطی و مجامع دانشگاهی)، عدم تأمین حقابه زیست محیطی تالاب در دو دهه اخیر دانسته و می‌گوید: حداقل نیاز آبی برای پایداری رودخانه زاینده‌رود و تالاب گاوخونی ۳۱۳ میلیون مترمکعب در سال تعیین شده که ۱۷۵ میلیون مترمکعب آن حقابه تالاب است.
این در حالی است که در تدوین جدول منابع و مصارف و همچنین رهاسازی آب، تا به امروز حقابه‌ای برای تالاب درنظر گرفته نشده و همین عامل منجر به خشکیدگی کامل تالاب گاوخونی شده است. اگرچه بار‌ها شرکت آب منطقه‌ای استان اعلام کرده که رهاسازی آب برای محیط زیست انجام شده، اما وضعیت کنونی تالاب و فاصله ۴۰۰ کیلومتری سرشاخه‌های سد زاینده رود تا گاوخونی، به‌خوبی نشان می‌دهد که این آب در بالادست به نام حقابه زیست‌محیطی و به کام مصارفی مانند کشاورزی، صنعتی و... رهاسازی شده است. این در حالی است که حقابه تالاب باید در طول مسیر رهاسازی، مورد حفاظت قرار گرفته و سپس وارد تالاب شود.
اکبری، عامل بعدی خشکیدگی تالاب گاوخونی را قرارگیری تالاب در اقلیم گرم و خشک فلات مرکزی ایران دانسته و می‌گوید: مطالعات دانشگاهی در حوزه جریانات اصلی و زیر حوزه‌ای نشان می‌دهد که ۹۵ درصد حیات تالاب به آورده زاینده‌رود بستگی دارد. از سویی دیگر برهم خوردن الگوی بارش و تداوم خشک‌سالی‌ها در ۲ دهه اخیر نیز مزید بر علت شده است.
مطابق گفته این مقام مسئول، شرکت آب منطقه‌ای استان اصفهان تا سال گذشته اعلام کرده بود که ذخیره سد زاینده‌رود در حداقل ممکن قرار دارد. البته در سال آبی ۱۴۰۱ -۱۴۰۲ خوشبختانه بارندگی خوبی صورت گرفته و ذخایر آب به بالای ۵۰۰ میلیون متر مکعب رسید.
طی این مدت چندین بار برای مصارف دیگر از جمله کشاورزی و... رهاسازی آب صورت گرفته و ما در همین اثنا درخواست دادیم که حقابه تالاب متناسب به شرایط بارش و ذخیره سد زاینده رود تأمین شود؛ اما این اتفاق تا به امروز رخ نداده است. اگرچه تشدید خشکسالی و کمبود ذخیره آب سد، موضوعی غیرقابل انکار است، اما همانگونه که رهاسازی آب برای مصارف کشاورزی، صنعتی و... صورت می‌گیرد، به همان نسبت نیز برای تالاب گاوخونی باید رهاسازی آب صورت گیرد.