مصرف‌کنندگان قلیان به این دلیل در بین انواع دخانیات موجود در بازار به قلیان روی آورده‌اند که آن را کم‌خطرترین نوع مواد دخانی می‌دانند، غافل از این‌که آنچه کشیدن قلیان با مصرف‌کنندگان آن می‌کند به مراتب ناگوارتر از سیگار است.
به‌ طور طبیعی، حجم دود استنشاقی در کشیدن قلیان خیلی بیشتر از حجم دود استنشاقی در کشیدن سیگار است. کشیدن قلیان با لوله آب، دودی برابر ۵۹ عدد سیگار را تولید می‌کند.
مصرف قلیان منحصر به گروه سنی، طبقه اجتماعی، زمان و مکان خاصی نمی‌شود و تبعات آن متوجه شمار بسیاری از افراد است.
در سال‌های اخیر یک شیب افزایشی در ابتلا به ام اس در کشور وجود دارد. کشور ما از نظر ابتلا به ام اس در منطقه پرخطر قرار دارد و چون این بیماری بیشتر جوانان را درگیر می‌کند پرداختن به جنبه‌های مختلف بیماری ام اس که تاکنون به آن‌ها کمتر پرداخته شده، اما در زندگی بیماران نقش بسزایی دارد بسیار حائز اهمیت است. کمبود ویتامین D، شیوع مصرف قلیان و سیگار، عفونت‌ها و حتی تغییر شیوه تغذیه طی 2 سال اخیر از عوامل مهم ابتلا به ام اس شناخته شده است.اقدام در جهت کاهش مصرف قلیان و مواد دخانی در جوانان و زنان نیز می‌تواند از راه‌های مقابله با ام اس باشد.
به گفته انجمن سرطان آمریکا، حتی سیگارهای گیاهی بدون تنباکو هم قطران، ذرات و مونوکسید کربن تولید می‌کنند و برای سلامتی خطرناک هستند.
این انجمن خطرات چند مورد از این جایگزین‌های گیاهی را ترسیم می‌کند؛ از سیگارهای میخی معروف به کرتکس گرفته تا سیگارهای طعم دار به شکل قلیان.
دکتر «الن روم» از کلینیک کلیولند اوهایو درباره خطرات استفاده از این لوله‌هایی که تنباکو را با زغال سنگ گرم می‌کنند و آن را از طریق آب خنک فیلتر می‌کنند، می‌گوید: «قلیان جایگزین مطمئنی برای کشیدن سیگار نیست. یک جلسه معمولی یک ساعته استفاده از قلیان شامل استنشاق ۱۰۰ تا ۲۰۰ برابر حجم دود استنشاق شده از یک سیگار است.»
مؤسسه ملی سرطان ایالات متحده، سیگارهای گیاهی را حاوی ترکیبی از گل‌ها، گیاهان و سایر مواد طبیعی تعریف می‌کند که فاقد تنباکو و نیکوتین است.
به گفته این مؤسسه، با وجود این مواد طبیعی، آنها همچنان بسیاری از همان مواد شیمیایی مضری را که سیگارها دارند، مانند قطران و مونوکسید کربن منتشر می‌کنند.
قلیان سیگار نیست، بلکه پیپ‌هایی هستند که از قرن‌ها پیش در هند و ایران مورد استفاده قرار می‌گرفتند. آنها از زغال چوب برای گرم کردن تنباکوی طعم دار استفاده می‌کنند.
قلیان‌ها با وجود سیستم تحویل متفاوت، خطرات خاص خود را دارند. به گفته انجمن سرطان آمریکا، فرآیند کشیدن تنباکو با قلیان سطوح بالایی از مواد شیمیایی خطرناک مانند مونوکسید کربن و فلزات را به بدن منتقل می‌کند.
نتایج یک مطالعه، تأثیر بالقوه کشیدن گیاهان خاص، که شامل افزایش خطر بیماری‌های قلبی، سکته مغزی و دیابت نوع ۲ بود، را نشان داد.
محققان تاکید می‌کنند به طور کلی، سوزاندن ترکیبات مشتق شده از گیاهان ممکن است بدن انسان را به طرق مختلف تحت تأثیر قرار دهد و باعث بیماری‌های جدی شود.