وقتی از دانشگاه تهران در سال ۱۳۶۳ اخراج شد، به تن این پژوهشگر ایرانی در زمینه فلسفه، تاریخ و سیاست نیز روغن عدم دقیق اندیشی، بازمانده از دوران چپ جدید در ایران به بدن او مالیده شد. از مهمترین آثار او زوال اندیشه سیاسی در ایران است. از او ۱۸ جلد آثار نفیس برجای مانده است. سیدجوادطباطبایی، فیلسوف و نویسنده ایرانی، شامگاه سه شنبه در سن ۷۷ سالگی در بیمارستانی در لس‌آنجلس درگذشت.
در همان دوران کودکی زبان فرانسه را نزد کشیشی فرانسوی‌زبان فراگرفت.هوشیاری او همان بس که به نحوی از نخستین سال‌های حیات علمی‌اش، راه ایجاد افق‌های علمی را در سنت، مدرنیته و تاریخ ایران دنبال کرد. تحصیلات آموزشی رسمی، فراگیری فلسفه درحوزه علمیه تبریز، یادگیری زبان عربی و شرح منظومه سبزواری مرحله نخست حیات علمی او را تشکیل می‌دهد. راه دانشگاه رفتن به سوی قلل علمی او، با تحصیل در رشته حقوق دانشگاه تهران، خواندن اسفار ملاصدرا و الهیات شفای ابن‌سینا، نزد جواد مصلح و شرکت در سمینارهای هانری کُربَن هموار شد و این مرحله دوم از حیات علمی اوست. مرحله سوم، اخذ بورس تحصیلی دانشگاه پاریس و با قبول شدن در امتحان ورود به دوره «دکتری دولتی»، مستقیماً وارد دانشگاه سوربن شد و سپس با اخذ دیپلم مطالعات عالی D.E.S از رشته فلسفه سیاسی فارغ‌التحصیل شد.
حضور در حلقه لوئی آلتوسر، فیلسوف مارکسیست و فرانسوا شاتله فیلسوف هگلی مارکسی و همچنین رفت و آمد در حلقه‌های فلسفی کشیش‌های یسوعی‌ در شکل گیری شخصیت علمی او نقش تعیین کننده ای داشت. به گزارش خبرآنلاین ترجمه حاشیه‌های لنین بر کتاب‌های هگل با عنوان یادداشت‌هایی دربارٔ دیالکتیک، همچنین مجموعه مقاله‌هایی از لویی آلتوسر با عنوان لنین، فلسفه و سه مقاله دیگر درباره کارل مارکس و مارکسیسم، همچنین جدال نظری آلتوسر و جان لوئیس را در این دوره ترجمه و منتشر کرد.
رساله دکترایش در سال ۱۳۶۳ درباره «تکوین اندیشه سیاسی هگل جوان»، بود که با دریافت درجه ممتاز دکترای دولتی در رشته فلسفه سیاست به ایران بازگشت و به عضویت هیات علمی دانشگاه تهران درآمد. اما او را لیبرال، لاییک، ملی‌گرا خواندند و از دانشگاه اخراجش کردند؛ در پاسخ به این بی مهری فقط یک کلمه گفت: «من همانی هستم که هستم. واقعاً نه می‌دانند لیبرال چیست، نه ملی‌گرا و نه لاییک. ماجرا این است که هر کسی که در بیرون از تقلیدِ رایج نظام علمی صحبت کند، یکی، دو تا از این مفاهیم را می‌چسبانند تا حذفش کنند. حتی وقتی معنایش را بپرسی هم پاسخی ندارند.»
با این همه با امکاناتی که در مراکز پژوهشی فرانسه، آلمان، و آمریکا فراهم آمد، پژوهشی درباره تاریخ اندیشه در ایران را دنبال کرد. او در سال ۱۳۷۶ موفق شد نشان نخل آکادمیک، عالی‌ترین نشان علمی فرانسه و مدال نقره تحقیقات در علم سیاست را از دانشگاه کمبریج کسب کند. وی از سال ۱۳۸۸ تا ۱۳۹۵ مشغول تدریس در مؤسسه مطالعات سیاسی-اقتصادی «پرسش» بوده‌ است. مدتی نیز عضو هیئت علمی دائرةالمعارف بزرگ اسلامی بود. طباطبایی در سال ۱۳۹۷ برای تکمیل پژوهش‌های خود و درمان بیماری در آمریکا اقامت گزید.
طباطبایی در مصاحبه با مجله فرانسوی لیبراسیون، نظر به حوادث ۱۱ سپتامبر بیان کرده‌است که قرائت ایدئولوژیک و سیاسی از اسلام، قرائتی مرده و فاقد معنا است. او در این گفت‌وگو وضعیت مردم ایران را متفاوت می‌داند و می‌گوید جامعه ایران توانسته خودش به‌روز کند.
نظریه ایران‌شهری
دکتر طباطبایی از شارحان نظریه ایرانشهری است که در آن کل نظام سیاسی ایران را در گذر تاریخ متاثر از فرهنگ ایران می داند. کانال پیر پرنیان اندیش، در باره شرح و گزارش اندیشۀ ایرانشهری‌ مرحوم طباطبایی، به نقل از وی ، فرهنگ را بزرگترین عامل اثرگذار در نظام سیاسی ایران معرفی می‌کند و تمرکز علمی در این حوزه، یکی از کارهای شاخص طباطبایی است. طباطبایی نشان می‌دهد که می‌توان نظریه‌های سیاسی در دوران پسا اسلامی در ایران را در ادامه خداینامه‌ها و سِیرَالمُلوک‌های بازمانده از دوره ساسانی مورد بررسی قرار داد و تفسیر کرد.
طباطبایی در بررسی بی معنا بودن سکولاریسم در اسلام در کتاب «ملت، دولت و حکومت قانون» می‌نویسد: «فعالانِ سیاسی، به عنوانِ مقلدانِ بحث‌های جامعه‌شناسیِ هضم‌نشده، گمان می‌کنند سکولاریسم، مرهمِ همه دردهای کشورهایی مانندِ ایران است.
این بحث در موردِ اسلام موضوعیت ندارد. خدایش بیامرزد و ما را قدردان عالمان و اندیشمندان مان سازد. به امید روزی که عالمان در این دیار به جایگاه اصلی خود بازگردند.
لازم به ذکر است، از جمله اندیشه‌هایی که در دوره معاصر هم تاثیرگذاری زیادی داشته و هم در محافل فکری درباره آن بحث و گفت‌وگوی فراوانی شده است، موضوع ایران‌شهری است. مفهومی که سیدجواد طباطبایی در سه دهه اخیر به پرورش آن پرداخته است. طباطبایی در تبیین اندیشه سیاسی ایرانشهری می‌نویسد: «آمیختگی سیاست به همه اموری که به نوعی با کشورداری پیوند می‌داشته، از ویژگی‌های اساسی ایرانشهری است، زیرا در دوره باستانی ایران، تأمل در امور سیاسی و فرمانروایی، با هرگونه اندیشه‌ای درباره کشورداری به معنای گسترده‌ی آن پیوندی ناگسستنی می‌یافته و این امور در درون اندیشه‌ای فراگیر که می‌توان آن را «سیاسی» توصیف کرد، فهمیده می‌شده است».
در همین راستا، دو محور اصلی اندیشه ایرانشهری، «شاه آرمانی» و به‌هم برآمدگی یا وحدت دین و دولت‌اند. از نظر طباطبایی «مفهوم بنیادین اندیشه سیاسی ایرانشهری، شاه آرمانی دارای فرّه ایزدی است». درعین‌حال، «شاه آرمانی... از آنجا که دارای فرّه ایزدی است، در نوشته‌های ایرانشهری به‌عنوان انسانی خداگونه، نماینده و برگزیده خدا بر روی زمین فهمیده» می‌شد. البته این هم هست که طباطبایی در «تأملات» می‌نویسد: «برابر اصول اندیشه ایرانشهری، «شخصِ» شاه، «خدای بر روی زمین» ... بود». اما در این اندیشه سیاسی «پادشاه، به لحاظ اینکه دارای فرّه ایزدی است، خود عین شریعت است». او بر این «عین شریعت» و نه «مجری آن» بودن شاه آرمانی تأکید دارد. از اینجاست دومین محور اصلی اندیشه سیاسی ایرانشهری که وحدت پادشاهی و دیانت است شکل می‌گیرد.
به گزارش فرارو، طباطبایی این نظر را در «نوشته‌های ایرانی نخستین سده‌های دوره اسلامی» تأیید می‌کند که «نظریه شاهی آرمانی... مقام پادشاه را از سنخ نبوت می‌داند». پس، «چنین پادشاهی که برگزیده خداست و به خواست او عمل می‌کند، عین شریعت یا قانون است»
در تحلیل این نظریه می‌توان گفت؛ اندیشه ایرانشهری با برکشیدن مولفه‌های هویت‌ساز از دل تاریخ، درصدد برساختن تاریخ است. به این معنا، طباطبایی سعی دارد در تدوین این اندیشه، کهن بودن مفاهیم مرکزی آن را اثبات کند. از دید طباطبایی، در مورد ایران «واقعیت مقدم بر مفهوم است». یعنی به زعم طباطبایی «ایران» به عنوان یک نظم سیاسی ـ اجتماعی در گذشته وجود داشته، اما مفهوم آن بعدتر به وجود آمده است؛ لذا در این معنا، طباطبایی از سویی موقعیت کنونی را به تاریخ فرا می‌افکند و از سوی دیگر واقعیت موجود را آلترناتیو ممکن جا می‌زند.
سیدجواد طباطبایی تئوری ایرانشهری را از خواجه نظام الملک وام گرفته است. او قائل به یک روح فرهنگی فراگیر برای مجموعه ایران است. فرهنگی که نه متعلق به یک قوم خاص، بلکه ترکیبی از اقوام مختلف در مرز‌های فرهنگی به نام ایران بوده‌است. مفهومی که اقوام مختلف ترک و لر و بلوچ و عرب را در سرزمین واحدی جمع می‌کند و روح یکسانی به آن‌ها می‌بخشد. جواد طباطبایی در همین چارچوب فکری، زبان فارسی را یکی از قدیمی‌ترین و استوارترین زبان‌هایی می‌داند که تبدیل به زبان فرهنگی همه ایرانیان شده‌است. البته بسیاری از شارحان و هواخواهان سید جواد بر این باور هستند که نظریه ایرانشهری، نظریه‌ای پیشامدرن است و نسبتی با ناسیونالیسم ندارد.