تغییرات جدید در کابینه سیزدهم، عدد جابجایی‌ها در دولت سید ابراهیم رئیسی را افزایش داده است. تاکنون سه وزیر جای خود را به وزرای جدید داده‌اند و روسای بانک مرکزی و سازمان برنامه و بودجه هم از سمت خود کنار رفته‌اند.
ظهر ۲۲ فروردین ۱۴۰۲، علی بهادری‌ جهرمی سخنگوی دولت از تغییرات جدید در کابینه خبر داد و طبق آن رئیس سازمان برنامه و بودجه و وزیر جهاد کشاورزی جای خود را به نفرات جدیدی دادند. همچنین مدیرعامل صندوق نوآوری و شکوفایی معرفی شد.
سخنگوی دولت در بخش خبری ساعت ۱۴ شبکه خبر سیما با اعلام تغییرات انجام‌ شده در هیئت دولت، اظهار کرد: «رویه دولت از ابتدا این بوده که مدیران و فرآیندها و رویه به صورت مستمر مورد ارزیابی قرار گیرند و این رویه ثابت و تأکیدی همیشگی در جلسات با اعضای کابینه رئیس جمهوری بوده است.»
بهادری‌ جهرمی افزود: «این تغییرات و تحولات یا به مناسبت ارزیابی‌های صورت گرفته یا به تناسب شرایط و اولویت‌های موجود کشور و نیاز روز اتفاق می‌افتد. در همین زمینه امروز سه تغییر در مجموعه کلان دولت انجام می‌شود که اولین تغییر آن مربوط به سازمان برنامه و بودجه است و طی آن آقای دکتر منظور رئیس سازمان امور مالیاتی کشور که تجربه مدیریتی موفقی داشته‌اند و سیاست‌های دولت را خوب پیش برده‌اند، جایگزین آقای میرکاظمی به عنوان رئیس سازمان برنامه و بودجه می‌شوند.»
به گزارش ایسنا، پیش از اعلام این خبر، زمزمه‌هایی درباره تغییر در سازمان برنامه و بودجه شنیده می‌شد که برخی آن را نارضایتی از عملکرد میرکاظمی و برخی دلیل آن را بیماری وی عنوان می‌کردند. سید مسعود میرکاظمی نماینده تهران در دوره نهم مجلس شورای اسلامی بود. وی در دولت نهم، چهار سال وزیر بازرگانی و در ابتدای دولت دهم نیز برای مدت کمتر از ۲ سال، وزیر نفت بود. رئیس دولت سیزدهم در ۲۰ مرداد ۱۴۰۰ با صدور حکمی میرکاظمی را به سمت معاون رئیس جمهور و رئیس سازمان برنامه و بودجه کشور منصوب کرد که با توجه به برکناری وی از سمت مذکور، عمر میرکاظمی در این سمت، کم‌تر از دو سال بود.
البته به گفته سخنگوی دولت، «میرکاظمی از اواسط سال ۱۴۰۱ از رئیس جمهوری چند مرتبه به دلیل ناراحتی قلبی تقاضا کرده‌ بودند که مسئولیت را به دیگری واگذار کنند تا حجم کارشان کمتر شود. با این‌حال چون در اثنای فرایند تدوین و تصویب بودجه ۱۴۰۲ بودیم نظر رئیس جمهوری این بود که این فرایند طی شود و بعد تغییر رخ دهد؛ البته آقای میرکاظمی مشاور تیم اقتصادی دولت خواهد ماند.»
در همین زمینه سپهر خلجی رئیس شورای اطلاع‌رسانی دولت در حساب کاربری خود در توییتر نوشت: «‏مدیریت کسری بودجه ۴۵۰ هزار میلیارد تومانی به ارث رسیده از دولت قبل، برقراری انضباط مالی، تراز کردن درآمدها و هزینه‌ها در ۱۴۰۱ و رشد قابل توجه بودجه عمرانی بخشی از کارنامه تحسین‌برانگیز دکتر میرکاظمی در سازمان برنامه و بودجه است. با آرزوی توفیق و سلامتی برای این مدیر خدوم و دانا.»
حالا قرار است داود منظور سکان هدایت مهم‌ترین سازمان برنامه‌ریزی کشور را در دست بگیرد. منظور ۵۹ ساله و فارغ‌التحصیل از دانشکده اقتصاد دانشگاه تهران در مقطع دکتری اقتصاد با گرایش اقتصادسنجی و کارشناسی ارشد اقتصاد و معارف اسلامی از دانشگاه امام صادق است. او از مهر ۱۴۰۰ به عنوان یکی از معاونین وزارت اقتصاد، عهده‌دار سمت ریاست سازمان امور مالیاتی بود. معاونت برنامه سازمان برنامه و بودجه و معاونت برنامه‌ریزی و امور اقتصادی وزارت نیرو از سوابق مدیریتی منظور است.
اما تغییر بعدی در وزارت جهاد کشاورزی اتفاق افتاد که سخنگوی دولت در این زمینه گفت: «دومین تغییر در حوزه وزارت جهاد کشاورزی است که ارزیابی‌های سال گذشته منجر به جابه‌جایی مدیریتی در این حوزه شد و طی آن سید محمد آقامیری رئیس کنونی سازمان نظام دامپزشکی کشور که تجربه مدیریتی موفقی دارند، به عنوان سرپرست وزارت کشاورزی انتخاب شدند.»
بهادری‌جهرمی همچنین یادآور شد: «با توجه به تورم‌های جهانی و افزایش قیمت‌ها بعد از جنگ اوکراین و رکود دوره کرونا ارزیابی‌هایی صورت گرفت و منجر به این شد که جابه جایی مدیریتی در وزارت جهاد کشاورزی انجام شود.»
وی درباره سرپرست جدید وزارت جهاد کشاورزی بیان کرد: «سید محمد آقامیری که پیش از این عهده‌دار ریاست سازمان دامپزشکی کشور بود به دلیل تحصیلات مرتبط با بخش کشاورزی قرار است فعلا به عنوان سرپرست وزارت جهاد کشاورزی انتخاب شود که البته از تجربیات وزیر قبلی در بخش مدیریت استفاده خواهد شد.»
سید جواد ساداتی‌نژاد وزیر سابق جهاد کشاورزی در کارنامه خود نمایندگی دوره دهم و یازدهم مجلس شورای اسلامی، ریاست کمیسیون کشاورزی،‌ آب و منابع طبیعی مجلس شورای اسلامی از حوزه انتخابیه کاشان و آران و بیدگل را  دارد.
از طرفی در تغییرات جدید، مدیرعامل صندوق نوآوری و شکوفایی کشور هم انتخاب شد. سخنگوی دولت در این باره عنوان کرد: «در زمینه صندوق نوآوری و شکوفایی کشور با توجه به اولویت این حوزه و اولویت حمایت از مجموعه‌های دانش‌بنیان و نخبگانی، آقای رئیسی تصمیم گرفتند از خدمات آقای خیاطیان که دارای دکترای مدیریت تکنولوژی از دانشگاه علامه طباطبایی هستند و تجارب خوبی در زمینه علم و فناوری دارند به عنوان مدیرعامل صندوق نوآوری و شکوفایی استفاده کنند.»
تغییرات در کابینه سید ابراهیم رئیسی پیش از این هم صورت گرفته است. در ۸ دی ۱۴۰۱ پس از جلسه فوق‌العاده هیئت دولت، محمدرضا فرزین به عنوان رئیس کل جدید بانک مرکزی از هیئت وزیران رأی اعتماد گرفت و جایگزین علی صالح‌آبادی شد.
در اول آذر ۱۴۰۱، رستم قاسمی وزیر راه و شهرسازی به دلیل بیماری از سمت خود کناره‌گیری کرد و در ۱۶ آذر مهرداد بذرپاش با گرفتن رای اعتماد از مجلس به وزارت رسید. قاسمی در ۱۷ آذر درگذشت.
در ۲۴ خرداد ۱۴۰۱ حجت عبدالملکی اولین خروجی کابینه سیزدهم بود که از وزارت تعاون، کار و رفاه اجتماعی کناره‌گیری کرد. ابتدا محمد مهدی زاهدی‌وفا که به سرپرستی این وزارتخانه رسیده بود نتوانست از مجلس رای اعتماد بگیرد اما سید صولت مرتضوی که پیش از آن معاون اجرایی رئیس‌ جمهور و سرپرست نهاد ریاست‌جمهوری بود در ۲۷ مهر ۱۴۰۱ با گرفتن رای اعتماد از مجلس به وزارت تعاون، کار و رفاه اجتماعی رسید.