اگر مهم‌ترین اتفاق زندگی او را ارتباط نزدیک‌تر با دانشجویی به نام محمود احمدی‌نژاد بدانیم در دانشگاه هم هیچ استادی به اندازۀ حمید بهبهانی در ارتقای همان دانشجو - تا جایی که خود در آنجا تدریس کند- نقش نداشته و بی‌دلیل نبود که هر گاه متهم به بی‌توجهی به نخبگان می‌شد به دکتر بهبهانی اشاره می‌کرد و این را از سر تواضع می‌گفت چون نخبۀ اصلی کابینه را خودش می‌دانست.
به گزارش عصر ایران وقتی مجلس شورای اسلامی در بهمن 1389 حمید بهبهانی را با استیضاح برکنار کرد محمود احمدی‌نژاد به جای معرفی وزیر جدید ترجیح داد وزارت راه و ترابری را در وزارت راه و شهرسازی ادغام کند تا استاد او آخرین وزیر راه و ترابری ایران باشد.
احمدی‌نژاد در دوران شهرداری تهران نیز او را به معاونت حمل و نقل و ترافیک منصوب کرده بود و بعد از ریاست جمهوری او به وزارت راه رفت و معاون وزارتخانه شد تا 23 تیر 1387 که به عنوان سرپرست وزارت راه و ترابری منصوب شد.
محمود احمدی نژاد در هر سه دورۀ لیسانس و فوق لیسانس و دکتری دانشجوی دکتر بهبهانی بود و این ادعا گزاف نیست که بدون یاری او بعید بود از عهدۀ فوق لیسانس و دفاع از پایان نامۀ دکتری برآید و اگر غیر این بود استادی که سابقۀ انقلابی خاصی نداشت سر از دولت انقلابی درنمی آورد. بهبهانی حتی در دوران تدریس در دانشگاه علم و صنعت و قبل از معاونت شهرداری و سپس وزارت راه اصراری بر ظاهر مذهبی هم نداشت هر چند که در بهمن 1388 به همشهری ماه گفت در سال 56 بعد از بازگشت از آمریکا در تهران و شیراز به فعالیت‌های انقلابی پرداخته اما جزییاتی ارایه نکرد که دقیقا چه می‌کرده زیرا به عنوان یک چهرۀ سیاسی و انقلابی شناخته نمی شد.
در مجلس هشتم و روز ۱۵ مرداد ۱۳۸۷ پیشنهاد وزارت او به رأی گذاشته و وزیر راه و ترابری شد. در دولت دهم یا دولت دوم احمدی‌نژاد و در کوران اتفاقات بعد از انتخابات در سال 88 نیز به عنوان وزیر پیشنهادی راه معرفی شد و رأی آورد.
یک سال بعد و در 12 بهمن 1389 اما باید به جلسۀ استیضاحی می‌رفت که با 22 امضا به جریان افتاده بود. احمدی‌نژاد اما از وزیر واستاد خواست در جلسه حاضر نشود و گفت خود نیز نخواهد رفت و بدین ترتیب روشن بود نتیجه استیضاح چه خواهد بود.
درست است که اختلافات احمدی‌نژاد با مجلس تحت ریاست علی لاریجانی با استیضاح وزیر کار و در 15 بهمن 1391 به اوج رسید اما در واقع دو سال قبل و در 12 بهمن 1389 با استیضاح حمید بهبهانی وزیر راه کلید خورده بود.
اولین استیضاح کننده مدعی شد دولتی‌ها تهدید کرده‌اند اگر نماینده‌ای به استیضاح رای دهد مردم حوزۀ نمایندگی از امکانات و بودجه محروم خواهند شد. احمدرضا دستغیب نماینده شیراز هم گفت: از وزیر راه در افتتاح آزمایشی راه آهن شیراز- اصفهان رفتاری سرزده که اهانت به خانواده شهدا بوده است.
نماینده زنجان از ۲۲۰ مورد واخواهی دیوان محاسبات از پروژه های وزارت راه خبر داد که ۱۴۱ مورد آن به ادعانامه منجر شده و حجم مورد ادعانامه ۱۲۰۵را میلیارد تومان اعلام کرد و نماینده ارومیه نیز در موافقت با استیضاح وزیر راه گفت: سقوط توپولف کاسپین۱۶۹ کشته و ۷ روز بعد سانحه دیگری ۱۷ کشته و ۵ ماه بعد هواپیمای تابان در مشهد و بعد فوکر در تبریز و نهایتاً بویینگ ایران ایر ۷۷ کشته در ارومیه بر جای گذاشت.
احمد توکلی هم گفت احمدی نژاد به وزیر دستور داده بود در مجلس حاضر نشود. رئیس مجلس هم این رفتار را تخلف از قانون خواند.
حمید بهبهانی بعدها از این که در جلسه استیضاح حاضر نشده ابراز پشیمانی کرد اما گفت ‌در راستای منویات و سیاست های رییس جمهوری بود.
علاقه رییس جمهور به استادِ خود به حدی بود که بعد از استیضاح و پایان وزارت او را به عنوان رییس هیأت مدیره و مدیرعامل شرکت ملی نفتکش ایران انتخاب کرد و وقتی دو سال بعد بیژن نامدار زنگنه به وزارت نفت بازگشت گفت: «آقای سوری را که در شرکت ملی نفتکش یک برند جهانی بود برداشتند و آدمی را به جای او گذاشتند که فرق نفتکش جاده پیما با نفتکش اقیانوس پیما را نمی فهمید.»
اگر مهم‌ترین اتفاق زندگی او را ارتباط نزدیک‌تر با دانشجویی به نام محمود احمدی‌نژاد بدانیم در دانشگاه هم هیچ استادی به اندازۀ حمید بهبهانی در ارتقای همان دانشجو - تا جایی که خود در آنجا تدریس کند- نقش نداشته و بی‌دلیل نبود که هر گاه متهم به بی‌توجهی به نخبگان می‌شد به دکتر بهبهانی وزیر راه اشاره می‌کرد و این را البته از سر تواضع می‌گفت چون نخبۀ اصلی کابینه را خودش می‌دانست.