مالاریا یک بیماری حاد و مزمن است که به دنبال گزش پشه آنوفل ماده و انجام خونخواری از فرد بیمار، انگل مالاریا در بدن پشه تکثیر پیدا می‌کند و به دنبال گزش فرد سالم، تعدادی انگل مالاریا همراه با بزاق پشه وارد جریان خون می‌شود. پس از آن چرخه شیزوگونی خونی آغاز می‌شود و به حدی می‌رسد که لرز، تب و سایر نشانه‌های بالینی را ایجاد می‌کند. مالاریا بیماری بومی گسترده‌ای در ایران با عمری حداقل ۳۰۰۰ ساله است. اهمیت موضوع با مستندات تاریخی بازتاب بهتری دارد، مانند نقل مکان ۲۰۰۰۰ انسان از کشور ارمنستان در اواخر قرن ۱۸ و جان باختن آنها در اثر ابتلا به مالاریا. اوایل قرن بیستم، بیماری مالاریا مهم‌ترین معظل بهداشت عمومی در کشور بویژه در سواحل دریای خزر و نواحی جنوبی بود، اما تقریبا در همه جای کشورمان بویژه در شهرهای اصلی شایع بوده است.همجواری با کشورهای آلوده پاکستان و افغانستان، ترددهای مرزی فراوان در دو سوی مرز با پاکستان (مبادی رسمی و غیررسمی)، قاچاق سوخت و ورود مخازن انگلی بیماری، بارندگی و سیلاب‌های اخیر در کشور پاکستان و شهرهای مرزی در داخل استان از مهم‌ترین دلایل افزایش موارد مثبت مالاریا در سال جاری نسبت به سال‌های گذشته بوده است.
از چالش‌های برنامه کنترل مالاریا می‌توان به موارد زیر اشاره کرد:
- افزایش ورود مهاجرین (ذخیره انگلی) به شهرستان‌های مرزی کشور بخصوص به استان سیستان و بلوچستان
- توجه ناکافی به موارد محتمل مالاریا در بیمارستان‌های کشور به خصوص مراکز تخصصی و فوق تخصصی و بویژه بیمارستان‌های خصوصی
- بارندگی‌های  قابل توجه در استان سیستان و بلوچستان و افزایش ظرفیت پتانسیل انتقال مالاریا در سال‌های ۱۳۹۹ و ۱۴۰۰
- تغییر الگوی تجمعات انسانی و افزایش اقامت ایرانیان در مرزهای جنوب شرق کشور
- افزایش ابتلا در سایر استان‌های کشور به واسطه مسافرت‌های شغلی به استان سیستان و بلوچستان
- افت فعالیت‌های موثر مدیریت برنامه حذف مالاریا در دوران پاندمی کرونا
- کمبود قابل توجه منابع اعتباری در مدیریت برنامه به خصوص در استان‌های جنوب و جنوب شرقی کشور جهت تقویت نیروی انسانی برای بیماریابی و کنترل ناقلین و تامین مایحتاج برنامه در سال‌های ۱۴۰۰-۱۳۹۹
- فرسوده بودن ناوگان لجستیک جهت مدیریت برنامه حذف مالاریا
- وجود نوسانات برق و آب در مناطق جنوب شرق کشور (افزایش شرایط مواجهه با مالاریا)
- عدم دسترسی و ناکافی بودن کیت تشخیص سریع مالاریا در کشور (RDT)
- همکاری ناکافی مردم جهت اقدامات کنترل ناقل در کانون‌های آلوده