رودخانه هیرمند از افغانستان سرچشمه می‌گیرد و زندگی مردم منطقه سیستان وابسته به آن است.نوسان جریان آب هیرمند و کاهش آب جاری به سمت سیستان در صدسال گذشته همواره مشکلاتی را به وجود آورده است. اختلاف بر سر استفاده از آب رودخانه هیرمند بین ایران و افغانستان از زمان شکل‌گیری مرزهای شرقی ایران با دخالت انگلیسی‌ها آغاز شد.
در نیمه دوم قرن نوزدهم با اوج گرفتن اختلافاتی که در نواحی شرقی ایران بین حکام محلی تابع ایران و افغانستان بر سر مسائل مرزی به وجود آمده بود، دو کشور بر اساس معاهدات جداگانه‌ای که با انگلستان داشتند، حل این مسائل را به حکمیت دولت بریتانیا سپردند.
دولت بریتانیا ژنرال «فردریک گلداسمید» را مأمور رسیدگی به این مسئله کرد. وی در ماه مه سال ۱۸۷۱ م «۱۲۵۰ ش» مأمور انجام حکمیت مرزی میان ایران و افغانستان در مورد مناقشات دو کشور در منطقه سیستان شد و با تحقیق و بررسی در سرحدات سیستان در ۱۹ اوت ۱۸۷۲ م (۱۲۵۱ ش) رأی خود را در تهران صادر کرد.
رأی وی به‌طور کامل به مسأله مشخص ساختن مرز دو کشور اختصاص داشت که بر اساس آن منطقه سیستان را به دو بخش «سیستان درونی» و «سیستان بیرونی» تقسیم کرد. وی «سیستان بیرونی» که بخش بزرگ‌تر و وسیع‌تر را در برمی‌گرفت به افغانستان داد و بخش سیستان درونی و قسمت کوچک‌تر را به ایران اختصاص داد.
همچنین شاخه اصلی هیرمند در شرقی‌ترین بخش دلتا پایین کوهک را به‌عنوان مرز دو کشور تعیین کرد. بدین ترتیب قسمتی از دلتای هیرمند که بخش وسیع‌تر زمین‌های کشاورزی و جمعیت بیشتری داشت به ایران واگذار و ناحیه‌ای که مسیر عبور آب جهت شرب در این قسمت را تشکیل می‌داد به افغانستان سپرده شد. با قرار دادن مرز دو کشور روی قسمتی از مسیر هیرمند، این رودخانه بر اساس سند وین تبدیل به رودخانه بین‌المللی شد که پس‌ازآن همواره با نقش‌آفرینی سیاسی خود روابط دو کشور را تحت تأثیر قرار داده است.
با توجه به اختلافات دو کشور در مساله هیرمند، قرارداد ۱۳۵۱  آخرین قراردادی است که پس از حدود ۱۵۰ سال اختلافات آبی میان ایران و افغانستان بر سر رودخانه ۱۰۵۰ کیلومتری هیرمند منعقد شد.
افغانستان طبق قرارداد ۱۳۵۱ هیرمند متعهد است در هر ثانیه ورود ۲۴ مترمکعب آب را تضمین کند، یعنی سالانه هشتصد و پنجاه میلیون مترمکعب آب باید وارد مرزهای ایران شود، اما افغانستان با احداث سدها در بالادست رود و عدم نظارت دقیق بر مسیر رودخانه نتوانسته به تعهدات خود عمل کند.
سران افغانستان می‌گویند در تلاشند با تکمیل سد کمال خان و اندازه‌گیری سطح آب در نزدیکی مرز حقآبه ایران را بدون ضایع شدن تضمین کنند. کاهش سطح آب هیرمند پیامدهای زیان‌بار زیست‌محیطی و کشاورزی در پایین‌دست رودخانه و دشت سیستان ایجاد کرده و مهاجرت گسترده مردم این منطقه را به دنبال داشته است.
بررسی‌ها و پیگیری‌ها از بدنه دولت به‌خصوص دو وزارتخانه کلیدی امور خارجه و نیرو نشان می‌دهد که در سال‌های اخیر تلاش‌ها و مذاکراتی با دولت افغانستان برای انجام اقدامات مشترک برای سیراب نمودن تالاب‌های بین‌المللی و مشترک هامون انجام‌شده و در دست پیگیری است.
به نظر می رسد باز شدن گره مشکل بی‌آبی و یا کم‌آبی با این کشور همسایه شرقی از طریق مذاکره و گفت‌وگو  قابل حل است.  آب هیرمند تأمین‌کننده بخشی  زیادی از آب استان سیستان و بلوچستان است و در صورت موانع و  احداث سد  و جلوگیری از رهاسازی آب، منجر به مشکلات عدیده ای  در این مناطق می شود.
باید به این نکته توجه کرد که وضعیت رودخانه‌های مرزی مشترک و چگونگی بهره‌برداری از منابع آبی آن از موضوعات مرتبط با همکاری‌های راهبردی تهران- کابل به‌منظور توسعه پایدار و مقابله با تهدیدات زیست‌محیطی است و می تواند در تقویت روابط  دو کشور نقش مهمی داشته باشد  این موضوعی است  که  حاکمان فعلی افغانستان باید به آن  توجه کنند.